Lipopolysaccharid neutral opløsning kan opbevares ved stuetemperatur i flere måneder, og dens biologiske aktivitet ændres ikke væsentligt. Hvis det opbevares ved 4 ℃ eller i et køleskab med lav temperatur, kan dets biologiske aktivitet forblive uændret i flere år til årtier. Tørt lipopolysaccharideutralt pulver kan opbevares ved stuetemperatur eller køleskab i årtier eller længere uden at miste sin biologiske aktivitet.

Når lipopolysaccharid anbringes i en sur opløsning ved stuetemperatur, undergår dets molekyler delvis nedbrydning. Denne ændring involverer hovedsageligt spaltning af glykosidbindinger mellem polysaccharid og lipid A og spaltning af lipid A1-glucosidbindinger. Opvarmning kan fremme denne reaktion. En stærk syreopløsning kan fuldstændig ødelægge lipopolysaccharid under opvarmningsbetingelser.

Alkaliske faktorer har stor indflydelse på lipopolysaccharidmolekyler, hovedsageligt på lipid A-molekyler. På dette tidspunkt er 4-phosphat-esterbindingen på lipid A-skelettet og fedtsyreesterbindingen på 3 og 3 positionerne let at blive ødelagt, hvilket kan få molekylet til at spalte. På dette tidspunkt mister de nedbrudte molekyler deres typiske endotoksinaktivitet. Lipopolysaccharider kan ødelægges fuldstændigt under stærke alkaliske forhold.