Typisk tarmbakterielipid A er 1,4-diphosphat-β 1,6-koblede glycosaminodisaccharider som rygraden og koblede 3-hydroxyfedtsyrer eller 3-acylcarboxylrester med amid- og esterbindinger. Denne struktur er ikke fælles for alle gram-negative bakterier. Især de ovennævnte strukturer er ikke ofte stødt på i familier, der er langt væk fra coliforme bakterier, såsom Bradyrhizobia.

Først blev strukturen af ​​afledt lipid A betragtet som en "unormal" lipid A-type, og nu omdøbes den til lipid A-variant. For eksempel Thiobacillus, Rhizobiaceae, Nitrobacter, Brucella, Chromatim Party, Chlorobium N ad son osv. Der er tydelige ændringer i skeletstrukturen af ​​LPS og i dens substitution. Lipid A-varianten har en overgangstype (eller transformeret) form, i Rhodobacter sphaeroides er kun en del af amidbundet 3-hydroxyfedtsyre erstattet af 3-oxymyristinsyre. Som et lipid, A skelet polysaccharid, er glycosaminen af ​​pigmenterede bakterier altid ledsaget af en lille mængde 2,3-diamino-2,3-dideoxy-D-glucose (DAG) forbindelse.

DAG findes kun i lipid A skeletsukker. Uronsyrederivatet af 2,3-diamin-2,3-dideoxhexose er blevet rapporteret som et bakterielt antigen (O-kæde) af forskellige serotyper af Pseudomonas aeruginosa.

3- oxymyristinsyre: Tilstedeværelsen af ​​3-oxymyristinsyre blev første gang rapporteret i Listenella anguillarum og erythroide bakterier. Nu kan faktisk alle arter og stammer af gram-negative bakterier α-3-grene observeres.

Endotoksinet med den mest signifikante biologiske effekt er heterogen LPS, som ofte bruges som standard til at teste cellereaktionen og forske i den terapeutiske effekt. Dens biologiske aktivitetsdel af lipid A er sammensat af β-1,6 sammensat af D-glucosamin disaccharid og seks mættede fedtsyrer og to negativt ladede fosfatradikaler. Ændringer i arrangementet af disse strukturer, såsom reduktion af antallet af ladninger, reduktion af fedtacylgrupper, ændring af fordelingen af ​​fedtacylkæder og graden af ​​fedtacylmætning kan føre til fald i deres biologiske aktiviteter. Det viser, at ændringen i den primære struktur af endotoksin uundgåeligt vil påvirke dets fysisk-kemiske virkning. Seydel et al. bekræftet, at stereostrukturen af ​​LPS i endotoksin er tæt forbundet med dets biologiske virkninger. Forskellige tredimensionelle strukturer kan give forskellige effekter. Generelt set fører den koniske rumlige struktur ofte til aktiveringseffekten af ​​celler, mens den cylindriske rumlige struktur af LPS ofte er en antagonist af endotoksin for at hæmme aktiveringen af ​​celler.